THE Fotonの2人対戦を20回程度プレイした筆者と対戦者が処理に迷った効果テキストと、それらの効果に対して暫定的に行っている処理（ローカルルール）を紹介する。
いちプレイヤー間における「おそらくこういう意味なんだろうな」程度のルール解釈でしかなく参考程度に留めて頂くのが無難であるが、効果処理にお悩みの方々の一助となれば幸いである。
祖-11 グシオン
（以下、効果テキストの引用。下線は筆者による）
■1枚引く。
自動：メインフェイズ終了時、あなたの場の裏向きのフォトンが0枚の場合、3勝利点を得る
自動：メインフェイズ終了時、あなたの捨札が0枚の場合、3勝利点を得る
文中の「メインフェイズ終了時」とは「全てのプレイヤーの行動済エリア（に置かれたメギドカード）が5枚になり、フォトン追加フェイズに移る直前」のタイミングを指すと見られる（下記画像のオレンジ枠内を参照）
すなわちグシオンの自動効果で勝利点を得る機会は1回のゲームにつき1度しかない。遊戯王OCGなどに親しんでいると「ドロー→イベント発動→メギドを1体行動または休息させたらメインフェイズ終了」と捉えがちだが、THE Fotonでは違っているので注意。
祖-35 マルコシアス
（以下、効果テキストの引用。下線は筆者による）
■3枚引く。
■このメギドのコストに使用したフォトンの数字の合計が6以下の場合、【妨】「各対戦相手は自身の場のフォトンを数字の合計が3以上になるように捨札にする」を発動する。
言葉の意味がどこにかかっているのかわかりづらいが、「捨札の数字の合計が3以上になるようにカードを選ぶ（そして捨てる）」という意味だと思われる。「場に出ているフォトンの数字の合計が3以上になるようにカードを捨てる」ではない。
場のフォトンの数字の合計が2以下の場合は「効果の一部が行えない場合」の処理（下画像を参照）から類推して、「（合計が2以下であっても）捨てられるカードは全て捨てる」処理をしている。
